Tính trạng sinh sản ở cừu có hệ số di truyền thấp, biểu hiện kiểu hình rời rạc nên khó áp dụng các biện pháp chọn lọc. Hệ số di truyền (h2) cho số con trên lứa thấp 0,17; 0,11 và 0,06 còn hệ số di truyền (h2) của tuổi dậy thì cũng rất thấp và dao động 0,1 đến 0,26. Thành công trong chọn lọc về sinh sản ở cừu liên quan đến khả năng sinh sản và phụ thuộc rất nhiều vào đa dạng di truyền của các thành phần sinh sản Tuy vậy, áp dụng chọn lọc theo giá trị giống ước tính (Estimated breeding value-EBV) về số con sinh ra/mùa ở cừu cũng đã được tác giả thực hiện và đã cho ra những kết quả bước đầu. Tăng số cừu sinh ra/lứa đẻ có thể được cải thiện bằng chọn lọc.

Có phát hiện ra rằng sự di truyền về khả năng sinh sản cao quan sát thấy ở cừu Booroola Merinos là kết quả của một đột biến ở gen 1B receptor (BMPR- 1B). Tiếp sau các nghiên cứu trên, gen chính chịu trách nhiệm về khả năng sinh sản cao ở cừu được phát hiện ở nhiều địa điểm và trên các giống cừu khác, cừu cái cừu Merino Úc, ở Booroola đã cho 2,1 cừu con sinh ra/năm và ở Peppin đã cho 1,36 cừu con sinh ra/năm. Hai gen chính quy định khả năng sinh sản cao ở cừu: BMPR-1B: Booroola. Allele: FecBB. Số nhiễm sắc thể: 6. Dù chọn lọc về khả năng sinh sản là khá khó khăn, ảnh hưởng của di truyền từ những con đực là khá rõ.

Cừu đực đã có ảnh hưởng đến số con cai sữa, khối lượng sơ sinh. Riêng số con sơ sinh không bị ảnh hưởng của con đực. Cũng sai khác về số con cai sữa do ảnh hưởng của con đực là 14,2%. Kết quả này cho thấy tăng số cừu sinh ra/lứa đẻ có thể được cải thiện bằng chọn lọc. Gần đây, bằng công nghệ sinh học phân tử, một số nhóm nghiên cứu đồng thời phát hiện ra rằng sự di truyền về khả năng sinh sản cao quan sát thấy ở cừu Booroola Merinos là kết quả của một đột biến ở gen 1B receptor (BMPR- 1B). Một đột biến khác ở gen BMP15 hay gen (DF9B) chịu trách nhiệm cho khả năng sinh sản cao ở cừu Inverdale cũng đã được phát hiện.